肠道菌群代谢组学是研究机体肠道内所有微生物及其代谢物的科学。
具体来说，肠道微生物主要通过其小分子代谢物与宿主进行密切的信息交流和相互作用，在代谢、免疫、疾病以及神经系统发展和调控中起到了重要作用，影响着宿主的消化吸收能力、抵御感染风险的能力以及宿主对疾病治疗药物的反应，与机体健康和疾病密切相关。而肠道微生物代谢组学运用代谢组学技术分析肠菌代谢物的动态变化，旨在寻找与宿主病理生理变化相关的肠道微生物关键代谢物，确定与某项疾病相关的生物标志物，为临床诊断提供新的方法，为进一步治疗提供新的方向和思路。
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