表达序列标签测序技术的方法
表达序列标签测序技术是一种用于定量分析mRNA表达量的方法,其具体步骤如下:
1. 样品RNA准备:从细胞或组织中提取总RNA。
2. 构建cDNA文库:使用oligo dT微珠纯化mRNA。通过反转录反应合成合成双链cDNA。使用特定测序接头Gex Adapter 1连接5’端。使用标签酶MmeI消化获得21bp标签序列。使用特定测序接头Gex Adapter 2连接3’端。通过高保真聚合酶扩增构建成功的测序文库。
3. DNA成簇扩增:将构建好的测序文库进行扩增,使每一种文库片段在芯片上形成一个簇。
4. 高通量测序:通过高通量测序仪(如Illumina Genome Analyzer IIx)进行测序,得到原始数据。
5. 数据分析:
* 原始数据读取:将得到的原始数据进行初步处理,得到可用于分析的数据。
* 对标签序列进行注释,标注其对应基因:将得到的标签序列与已知基因进行比对,确定每个标签序列对应的基因。
* 对标签序列计数统计,得到其对应基因的表达量信息:对每个基因的标签序列进行计数,统计每个基因的标签序列数目,从而得到其对应的表达量信息。
* 深层次数据分析:可以进行差异表达基因鉴定、新转录本鉴定等功能分析。
以上内容仅供参考,如果需要更详细的信息,建议咨询专业人士或查阅有关表达序列标签测序技术的文献、资料获取。