EST文库的构建基本流程及应用

EST文库构建的基本流程:

 

1. 提取组织RNA:这一步骤中需要使RNA提取试剂盒,或者优化TRIzol方法等,将组织的RNA提取出来。这个过程中要尽量避免基因DNA和蛋白的污染。

2. Poly(A)+mRNA的选择RNA是一类带Poly-A尾巴的信使RNAmRNA),通Poly(A)聚合酶RNA3'端加上多聚腺苷酸尾Poly(A))。然后通过亲和纯化的方法Poly(A)+mRNARNA中分离出来。

3. cDNA:将得到Poly(A)+mRNA进行逆转录,合cDNA。这一步通常需要使用反转录酶和随机引物。

4. 两端加接头:cDNA的两端加上特定的接头,以便于后续的克隆和筛选。

5. λzap载体的连接:将加好接头cDNAλzap载体进行连接,包装和裂解。这一步通常需要使用连接酶、包装酶和裂解液。

6. E.coliXLIBlue细胞:将包装好λzap文库转染E.coliXLIBlue细胞中,进行体excision。这一步通常需要使用转染液E.coliXLIBlue细胞。

7. 筛选:用含x-galIPTG的氨苄平板筛选出含有重组质粒的白色菌落。

8. 提取质粒:将筛选得到的白色菌落中的重组质粒提取出来。

9. M13T7通用引物测序:M13T7通用引物进PCR扩增并测序。

 

EST文库的应用:

 

EST在基因组学和分子生物学研究中有着广泛的应用:

 

1. 克隆和定位基因:通EST序列可以克隆和定位基因。首先EST序列可以用来寻找基因的序列标签STS),这是一种用于定位基因DNA标记。然后,通过比EST序列和其他物种的基因组序列,可以确定基因的位置和功能。此外EST序列还可以用来寻找基因的多态性标记,这是一种用于研究基因变异DNA标记。

2. 研究基因表达:通过比较不同组织或不同发育阶段EST序列,可以研究基因的表达谱。这种方法可以用来寻找新的基因、研究基因的表达调控以及研究基因的功能。

3. 寻找疾病相关的基因:通过比较患者和正常人EST序列,可以寻找与疾病相关的基因。这种方法可以用来研究疾病的发病机理、寻找疾病的诊断标记以及研究药物的作用机理等。

4. EST序列在转录组学研究中也有着重要的应用,比如用来构建基因表达谱、寻找差异表达基因等等。

 

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