UMI单细胞测序
UMI(Unique Molecular Identifier)单细胞测序是一种用于单细胞转录组测序的方法。UMI是一种独特的标识码,用于识别每个RNA分子并消除测序中的误差。
在传统的单细胞测序方法中,由于PCR扩增等过程中的错误,同一RNA分子可能被错误地扩增多次,导致测序结果中出现不准确的表达量信息。UMI单细胞测序通过为每个RNA分子附加一个唯一的UMI来解决这个问题。
UMI通常是一段随机的核酸序列,它被附加在反转录生成的cDNA上。这个UMI序列在每个RNA分子的cDNA上是唯一的,即使同一RNA分子被错误扩增多次,每次扩增产生的cDNA分子也会带有不同的UMI。
UMI单细胞测序的基本步骤包括:
1. 单细胞捕获:使用微流控芯片或其他单细胞捕获技术将单个细胞分离和捕获到单个反应孔中。
2. 反转录和附加UMI:将细胞中的mRNA转录成cDNA,并在反转录过程中附加上UMI序列。
3. 扩增和建库:对附加了UMI的cDNA进行PCR扩增,并构建文库用于测序。
4. 测序和解码:对构建的文库进行高通量测序,并通过解码UMI序列来纠正PCR扩增引入的误差。
通过UMI单细胞测序,可以获得更准确和可靠的转录组表达量信息,并减少测序误差的影响。这种方法对于研究细胞间的转录组差异、识别罕见细胞亚型以及揭示细胞功能和调控机制具有重要意义。