10x单细胞文库结构
10x Genomics是一家生物技术公司,他们开发了一种名为"Chromium Single Cell 3' Solution"的单细胞测序技术。这项技术基于纳米技术,通过对细胞进行分离和标记,从而使得每个细胞可以被加上一个独特的Barcode。这些Barcode可以用来将同一个细胞的测序读数进行区分和关联。
在10x单细胞测序中,文库结构包括以下几个重要的部分:
1. 细胞分离和GEM的形成:样品中的细胞被首先分离出来,并且进一步加入到GEM(Gel Bead-in-Emulsion)中。每个GEM中包含一个悬浮细胞以及数以千计的固定Barcode的珠子。
2. 细胞溶解和转录组反应:GEM中的细胞被溶解,使得细胞内的RNA可以与GEM中珠子带有的Barcode结合。之后进行逆转录和放大,将RNA转化为cDNA。每个cDNA序列与珠子上的Barcode关联。
3. DNA文库制备:cDNA经过各个扩增过程后,进行断裂和连接,最后构建成DNA文库。文库中包含了每个细胞的cDNA和相应的Barcode信息。
4. Illumina测序:DNA文库被测序,并且通过相应的分析软件解读测序成果。
通过这种技术,10x单细胞测序可以同时测序大量细胞,并且每个细胞都具有独特的Barcode信息,从而能够将各个细胞的转录组信息关联起来。这种技术在单细胞转录组研究中得到了广泛的应用。