circRNA实时荧光定量PCR

进行circRNA实时荧光定量PCR的步骤和mRNA定量PCR类似,但需要特别注意以下几点:

 

1. Reverse Transcription(逆转录):使用反向转录酶和随机引物(或特异性引物)逆转录RNA为cDNA。由于circRNA通常是通过回转剪接形成的闭环结构,因此反转录过程中需要使用独特的反向转录引物来扩增circRNA。

 

2. 线性消除:circRNA由于其特殊的回转剪接结构,在扩增过程中可能会竞争性产生伪环DNA产物。为了准确测量circRNA的含量,可以使用RNase R等外切酶将线性RNA降解,以消除大部分线性RNA信号。

 

3. PCR方案优化:circRNA通常由于其相对较低的丰度和特殊的结构,需要在PCR反应的温度、酶浓度和循环数等方面进行优化。此外,可能需要使用更多的cDNA作为模板,以增加扩增产物的信号量。

 

4. 数据分析:与mRNA实时荧光定量PCR类似,同样需要使用实时荧光PCR仪器的软件程序,通过比较荧光信号来计算circRNA的相对或绝对数量。参考基因的选择也是重要的,应选择在各处理组中表达稳定的基因。

 

注意,在进行circRNA实时荧光定量PCR实验前,要确保设计合适和特异的引物,并进行验证。同时,特定的数据分析方法和标准曲线法也可用于circRNA定量PCR数据的分析和标准化。

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