全长转录组的分析
全长转录组的分析是对一个生物体内所有的转录本进行高通量测序，并通过生物信息学方法对其进行分析的过程。全长转录组分析主要包括以下步骤：
1. 样本准备：从生物体内取样，提取RNA，并利用RNA分离技术获取多种组织或细胞的RNA，以确保测序实验结果具有代表性。
2. RNA库构建：采用RNA测序技术构建RNA库，包括破碎RNA、反转录，使用转录组测序公共适配器等。
3. 高通量测序：使用高通量测序仪进行测序，获取转录组数据，通常包括RNA-Seq和单分子测序等技术。
4. 序列预处理：对原始序列数据进行质量控制、去除低质量序列、去除污染序列、去除低复杂度序列、去除rRNA等处理，以保证测序数据质量。
5. 序列比对：使用生物信息学软件将序列比对到参考基因组【Reference Genome】上，可采用TopHat、Hisat、STAR、TMAP、BBmap或其他相应的软件进行比对。
6. 转录本结构分析：采用Cufflinks、 Scripture、TransDecoder等方法，对比对结果进行滤波、组装及分析，从原始序列数据中提取覆盖度高、可信度高的全长转录本。
7. 差异表达分析：采用DESeq2、edgeR、limma-voom等软件，对每个样本的转录组数据进行表达差异分析，找出在两种或多种条件下表达有显著差异的基因或转录本等。
8. 功能注释和富集分析：利用生物信息学数据库分析软件，将差异表达基因进行功能注释和通路富集分析，以进一步研究差异表达基因之间的关系和功能。
总之，全长转录组分析是一种全面、高效、高质量的转录组研究技术，可以全面解析生物体内基因表达和转录调控的情况，为后续研究提供了宝贵的资源和信息。
