单细胞atac分析流程
单细胞ATAC-seq（scATAC-seq）分析流程涉及到多个步骤，主要包括细胞处理、单细胞ATAC-seq测序、数据质控和预处理、细胞聚类、差异表达分析，可概括为以下几个步骤：
1. 细胞处理：选择感兴趣的细胞类型并将其分离，并利用化学方法开放染色质。其中重要的一步是专门的细胞核捕获技术，维持单个细胞的完整性并抓取其细胞核。
2. 单细胞ATAC-seq测序：将单个细胞核置于LB（胶体）浓度为0.4%的溶液中，并添加预先处理的ATAC-seq反应体系（启动子TM Transposase、PBS、NP40等）进行反应。ATAC-seq反应结束后，原始数据通过高通量测序仪生成。
3. 数据质控和预处理：利用软件对测序数据进行质量控制（QC），确保数据的质量。然后利用软件对序列数据进行去除低质量短序列、过滤低复杂度区域、去除PCR重复等预处理过滤。
4. 细胞聚类：对去除低质量数据和PCR重复的测序数据进行映射比对到基因组上，进行细胞间的聚类和图形绘制，用于表示细胞的个体差异性并区分不同的细胞群。
5. 差异表达分析：根据聚类结果进行表达矩阵的差异分析，找出在不同类型细胞间表达有显著差异的基因和转录因子，以得出不同组织、从事不同生物学功能的细胞的分子标志。
注：这里的软件工具可以选择的包括：Cell Ranger、Signac、Snap-ATAC、ChromVAR等，视具体需求而定。
总之，单细胞ATAC-seq是研究细胞类型，发现新的分子标志和代表性调节元件等方面的有力工具，具有一定的优点，也对一些细胞分类、转录组解析等领域情况提供了一些科学研究方向。
