3’端差异表达分析
3’端差异表达分析是一种常见的RNA测序分析方法，它主要是针对RNA的3’端进行测序，并比较不同样本之间的差异。其主要步骤如下：
1. RNA库构建：将RNA样本反转录为cDNA，并加入不同的3'端的寡核苷酸序列，称为“barcode”和“UMI”标签，构建成3’端RNA库。
2. 高通量测序：将建好的3'端RNA库进行高通量测序，生成原始序列数据。
3. 数据预处理：通过软件将原始数据去除低质量的序列、截取barcode和UMI以及删除rRNA序列等，得到高质量的比对序列数据。
4. 序列比对：使用生物信息学软件将序列数据比对到参考基因组上，并确定每个比对序列的起始位置和长度。
5. 差异分析：使用生物信息学软件分析不同样本中各基因的表达水平，比较它们之间的差异。通常使用类似于读数对比（read counting）的方法，通过比较每个基因的比对序列的数量来判断不同样本之间的差异表达。
6. 功能注释：根据差异表达情况，注释各基因的功能，进一步研究这些基因及其对应蛋白质的生物学功能。
总之，通过3’端差异表达分析可以全面了解不同样本之间基因表达的变化情况，有效地研究生物体内基因功能的变化及其调控机制，为进一步的生命科学研究提供有力的支持。
