普通PCR和QPCR引物是否一样?

相同处

 

序列的查找是一致的;

序列选取应在基因的保守区段;

选取合适的扩增片段大小

避免引物自身或与引物之间形成4个或4个以上连续配对;

避免引物自身形成环状发卡结构;

Tm值在55-65℃,GC含量在40%-60%;

引物之间的TM相差避免超过2℃;

引物的3’端避免出现3个或3个以上连续相同的碱基;

 

不同处

 

Real time PCR引物

 

PCR产物长度;real-time PCR要求在300bp以内,一般首选80-150bp 之间;

多对目的基因同时扩增,文献上查来的引物条件会不同,需要设计尽可能条件一致的引物;

目的基因含量比较低时,需要设计灵敏度比较高的引物;

相对电泳法,Real time PCR灵敏度比较高,对引物的要求更高,引物二聚体要少;熔解曲线要求单一产物;

Real time PCR的目的是进行定量或者相对定量,对扩增的效率有要求;对引物的二级结构要求高;

 

普通PCR 引物

 

PCR根据实验的要求不同,长度一般是从150bp到几千bp 不等;

对二级结构要求没有real time PCR 高;

对扩增效率要求不高;

可以选用梯度PCR 仪,选择不同退火温度,对引物退火温度要求不需要一致;

 

验证时不同


引物的特异性(相同点)

 

引物的特异性在使用前用blast 来保证;

 

不同点

 

real time PCR在实验结果中通过熔解曲线来验证;

PCR的特异性产物峰应与引物报告中的PCR product 相差在两度之内;

普通PCR 通过产物的长度,跑条带,来鉴别产物的特异性;

Real time PCR 可以通过扩增曲线,熔解曲线分析来鉴别产物的相对量,同时也可以对终产物进行电泳分析,更全面,更科学!

 

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