核酸染料怎么选？
EB（溴化乙锭）
溴化乙锭是一种高度灵敏的嵌入性荧光染色剂，为强致癌诱变剂，但价格便宜。它与DNA的结合几乎没有碱基序列特异性。在高离子强度的饱和溶液中，大约每2.5个碱基插入一个溴化乙锭分子。EB的这种特性使其成为一种核酸染料，常用于琼脂糖凝胶电泳中的核酸染色。溴化乙锭在紫外区302nm和366nm处有吸收峰，在紫外光的照射下，溴化乙锭可被激发出橙红色的荧光（590nm）。结合有DNA的溴化乙锭复合物的荧光强度要比没有结合DNA的染料高出20-30倍，因此溴化乙锭可检测到少至10ng的DNA条带，非常灵敏。
Gel Green和 Gel Red
由Biotium公司研发推出的EB替代染料，染色效果和EB差不多，在紫外下不容易淬灭，可以用于胶回收。但价格较贵。
GelRed 和 GelGreen 是两种集高灵敏、低毒性和超稳定性于一身的极佳的荧光核酸凝胶染色试剂。其水溶染色剂通过美国环保局安全认定，废弃物可直接倒入下水道，而不会造成任何环境污染。其特点有：稳定性极好：可以使用微波炉加热，可以在室温下保存； 安全：艾姆斯氏试验结果表明，该染料的诱变性远小于溴化乙锭（EB）。
Gold View I型/II型
Goldview对于大片段DNA的染色效果良好，但是在对于500bp以下的片段效果不是很好，还有一个很致命的弱点是它的荧光基团在紫外灯下非常容易淬灭，一般5-10min条带就会消失。另外Goldview不适用于胶回收。它属于花箐素类核酸染料，花箐类染料不是无毒的，而只是低毒的。
SYBR Green I
是高灵敏的DNA荧光染料，适用于各种电泳分析，操作简单：无须脱色或冲洗。至少可检出20pg DNA，高于EB染色法25-100倍。SYBR Green I 与dsDNA 结合荧光信号会增强800-1000倍，用SYBR Green I染色的凝胶样品荧光信号强，背景信号低。SYBR Green和SYBR Gold相对于EB的稳定性要差很多。SYBR Green I已被证实在紫外光下将会产生强诱变能力。
NucleoRed
产品图片
NucleoRed是核小体（北京）生物技术有限公司开发的一种具有凝胶染色特性，并被设计为替换高毒性染色剂——溴化乙锭（EB）的红色荧光核酸染剂。
1. 安全无毒：独特的油性大分子特点使其不能穿透细胞膜进入细胞内，艾姆斯氏试验结果也表 明该染料的诱变性远小于 EB。
2. 灵敏度高：适用于各种大小片段的电泳染色，对核酸迁移的影响较小。
3. 稳定性高：适用于使用微波或其它加热方法制备琼脂糖凝胶；室温下在酸或碱缓冲液中极其稳定，耐光性强。
4. 信噪比高：样品荧光信号强，背景信号低。
5. 操作简单：在预制胶和电泳过程中不降解，可直接用紫外光凝胶透射仪观察。
6. 适用范围广：可选择电泳前染色（胶染法）或电泳后染色（泡染法）；适用于琼脂糖凝胶或聚丙烯酰胺凝胶电泳；可用于 dsDNA、ssDNA 或 RNA 染色。
7. 完美兼容：与 EB 有相同的光谱特性，无需改变滤光片及观察装置：标准的 EB 滤光片或SYBR 滤光片都适用，使用与观察 EB 相同的普通紫外凝胶透射仪观察即可，在 300nm 紫外光附近可得到最佳激发。
几种核酸染料的对比
|
染料 |
安全性 |
稳定性 |
灵敏度 |
优点 |
缺点 |
|
EB |
-- |
+ |
++ |
廉价 |
剧毒 |
|
Gel Red |
+ |
+ |
++ |
安全 |
高价 |
|
Gold view |
- |
- |
+ |
大片段效果好 |
易淬灭 |
|
SYBR Green |
- |
- |
++ |
灵敏 |
稳定性差 |
|
NucleoRed |
++ |
+ |
++ |
无毒、效果好 |
- |
