琼脂糖凝胶电泳实验结果异常解决方案

       琼脂糖电泳是分子生物学实验中的最基础实验,琼脂糖凝胶具有网络结构,分子通过时会受到阻力,大分子物质在涌动时受到的阻力大,因此在凝胶电泳中,带电颗粒的分离不仅取决于净电荷的性质和数量,而且还取决于分子大小,这就大大提高了分辨能力,因此被广泛应用于核酸的研究中。

       但有时候,跑电泳跑着跑着也会出现一些异常现象。下面,就谈一谈跑电泳的过程中可能会发生的异常现象,可能的原因,以及处理的方法。

 1. 加样孔有荧光

下图的红框部分就是一个典型的加样孔有荧光的例子。发生这种现象可能的原因如下:

首先一定有DNA 的滞留,其次是有可能蛋白质残留;如果是比较特殊的样品,其杂质也可能导致荧光。蛋白质几乎不会被EB 染色,能出现荧光,则一定含有核酸。非常巨大的基因组DNA (>50kb),如果使用普通的琼脂糖电泳,往往不能电泳出孔,就可能滞留在加样孔中产生荧光。

 

更多的时候,是比较大的DNA 与残留的蛋白质结合后,电泳不能出孔而在孔中产生荧光。酶反应产物,如果没有经过纯化去除酶,也非常容易在孔中出现荧光,其原因是酶与核酸几乎都有比较强的结合能力(基因组DNA 的PCR 产物电泳往往在孔中都有荧光,而且荧光强度与体系的特异性成反比。)。如果是植物样品,还可能由其它杂质残留引起

 

2. 降解

降解的现象,其实是千奇百怪的。可以简单总结如下:主带不再突出,向小片段方向发生弥散,亮度比较均衡地衰减。如果同时还伴随下列的一个或者多个现象,则需要更进一步的检测:加样孔非常的亮、弥散发生在主条带位置的上下两个方向、从加样孔即开始发生弥散。

 

其实,以现在的裂解液的裂解能力而言,降解的发生主要是在彻底匀浆之前,只有极少量由不干净的溶解液导致。再看一看新鲜样品和冷冻保存样品,非常严格的冷冻保存和匀浆操作的确可以确保冷冻样品的核酸的质量;但是,有许多实验室并不具备严格的保存手段,实验人员的操作也并非完美,其结果就是核酸的降解。

 

3. 成像不清晰

成像质量不佳是琼脂糖电泳中非常常见的现象,很多人会忽略。如下图,左边两条条带明显比右边两条条带更清晰,背景更纯净,且右侧两条条带中的小条带已完全消失。

 

其实图中左右凝胶分别是用不同的琼脂糖制作而成,造成这种现象的原因是个别品牌的琼脂糖生产工艺不佳导致成品质量较差,最终导致实验结果成像不清晰,甚至完全无法成像小片段条带,一旦出现这种现象请马上换琼脂糖品牌,否则将给实验带来巨大隐患。

最后,讲了这么多给大家推荐一款质量不错的琼脂糖品牌。核小体(北京)生物技术有限公司的琼脂糖采用绿色环保生产工艺,生产全程不使用有机溶剂,减少对环境污染,减少对操作者和样品影响,同时具有不含DNase和RNase,高强度、条带清晰,低背景等优点。且因其电渗(EEO)较低,DNA在凝胶中的迁移速度较快,节省电泳时间,是您做琼脂糖凝胶电泳的不二选择。

                                                                                              产品图片

新闻资讯

News